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光学顕微鏡の長所と短所は、光、倍率、解像度に関係しています。光学顕微鏡は可視光を拡大します-これは私たちの目に見えるものなので、明らかな利点です。ただし、光学顕微鏡を使用する場合、倍率（オブジェクトの大きさの表示）と解像度（詳細の明瞭度）は制限されます。
光源
光学顕微鏡は、サンプルを通してレンズシステムに直接照明するために、反射鏡または電灯を使用します。ミラーシステムは安価ですが、適切な環境照明と調整のためのより多くの忍耐が必要です。電灯システムはより高価で、近くにコンセントが必要ですが、使用は簡単です。
光強度
光は見ているサンプルを通過するため、光の強度（明るさ）は重要です。薄い半透明のサンプル（透明）は低輝度の光で見るのが最適ですが、厚く不透明なサンプルには高輝度の光が必要です。光学顕微鏡の欠点は、一部のサンプルが厚すぎたり不透明であったりして、このタイプの顕微鏡では見えないことです。非常に薄いまたは半透明のサンプルは、より良い視覚化のためにコントラストを高めるために染色できます。しかしながら、このプロセスは生きている標本を殺します。
光の強度を調整する
光源の上でステージ（サンプルプラットフォーム）の下にある絞りは、試料を通過する光の量を調整します。絞りには、固定絞りセレクターと調整可能なカメラスタイルの絞りの2種類があります。
固定開口部は、回転プレートのいくつかの異なるサイズの開口部で構成されています。ダイヤルを回して希望の絞りを選択します。固定開口絞りは安価ですが、光強度の制御の精度が低くなります。
調整可能な開口絞りは、カメラレンズのFストップと同様に、連続的に変化する開口サイズを提供し、光の強度をより正確に制御します。これらのシステムはより高価です。
拡大
大きいほど良いとは限りません。光学顕微鏡は、1000倍（生命の1000倍）までの物体を非常によく拡大できます。さらに、画像はますます歪んでぼやけます。サイズを大きくしても画像は改善されず、実際には画像が使用できなくなります。
最大1000倍の倍率を使用して、すべてのタイプの生物を見ることができます。最小の細菌細胞も含まれます。これにより、光学顕微鏡は、微生物の概要が必要な細胞タイプ、池の水、土壌サンプル、その他の研究を研究するための強力なツールになります。ただし、光学顕微鏡法は、光の使用に固有の解像度の制限があるため、細胞内構造の研究にはほとんど役に立ちません。
解決
解像度は、画像で生成される細部の明瞭さの尺度です。低解像度の画像はぼやけて、または「ぼやけて」見えます。高解像度の画像は、鮮明で鮮明で詳細です。光学顕微鏡の最大の欠点は、解像度の限界です。 1000倍の倍率に加えて、光学顕微鏡は小さな細部を微調整する機能をすぐに失います。これは、機器の品質ではなく、光の物理的特性に起因します。細胞内構造の細部の解像度を高めるには、電子顕微鏡などの他の技術を使用する必要があります。
