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菌類は、植物と動物の別々の王国に分類される微生物のグループです。それらは多くの環境で豊富に見られ、独立した、依存した（寄生）または相互に有益な生活をしています。真菌は、死んだ物質を分解し、重要な栄養素を土壌や大気に放出することにより、生態系の適切な機能を維持するために不可欠です。
腐生菌
腐生菌（または分解菌）は、土壌中に存在する菌類の最大のグループです。それらは、死んだまたは腐敗した物質を有機酸、二酸化炭素および真菌バイオマス（またはそれら自身の体）に変換します。彼らはその栄養素を消費し、それを土壌に固定化することで、木材などの固い有機物を分解します。腐生菌は、セルロース、リグニン（多くの生物で使用されている必須炭素を分解する）とタンパク質を分解することができます。彼らは通常、死んだ動物、昆虫、葉、倒木の周りに見られます。腐生菌の例としては、ヒラタケ（カキ）、シイタケ（シイタケ）、およびキアゲハ（Stropharia rei）が挙げられる。
相互菌
相互主義者は植物と相互に有益な関係（関係する両方の種が恩恵を受ける関係）を形成する菌類のグループです。通常、それらは植物の根で成長し、土壌から栄養分（リンなど）を得るのに役立ちます。菌根菌は植物の根の中で成長する共生菌のグループです。ラン、エリコイド、外生菌根およびアーバスキュラーを含む、菌根菌には4つの主要なグループがあります。すべての植物のほぼ90％が菌根菌と相互に有益な関係を形成しています。共生菌の例には、接合菌類および担子菌類の菌が含まれます。
病原菌
病原菌は宿主植物に侵入し、生物を分解します。それらは宿主から重要な栄養素を取り除き、植物を衰弱させ、最終的には死に至らせます。病原菌は植物の外皮（表皮）を貫通するか、ストーマの内部で成長します（呼吸孔）。彼らは植物に感染してそれを死に至らしめるか、生きている植物から重要な栄養素を盗んでいる間にそれを生きさせます。土壌中に存在する真菌によって引き起こされる植物病には、腐敗、黒点、潰瘍、さび病、根腐病、根腐病およびジャガイモいぼが含まれます。病原菌は通常、収穫の初めに土壌中に見られます。病原菌の例には、ピシウム、リゾクトニア、フィトフトラおよびバーティシリウムが含まれる。
