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FishChannel.comのWebサイトによると、アンモニアは「目に見えない殺人者」です。タンク内のその唯一の許容レベルはゼロです。それは3つの方法を通してやって来ます。最も可能性が低いのは、不適切に処理された水道水です。死んだ魚や食べ過ぎなどの有機物を腐敗させると、アンモニア濃度が上昇します。それは魚のえらによって排泄されるように、過密水槽は高レベルのアンモニアを促進します。色がなく、水溶性であるため、透明で輝くタンクは、アンモニアを含まない環境を示すものではありません。
不完全なろ過
濾過、または濾過システムは、タンクからアンモニアを除去する手段です。それが限られているなら - 例えば、小さいフィルターで - アンモニアは急速に蓄積します。アンモニア蓄積の古典的な時期は、タンク、その魚、そしてその濾過システムが新しいときです。これは「新しい水族館症候群」として知られています、そしてあなたが安全な容量にタンクを取り付ける間、徐々に魚と頻繁な水テストを加えることによって避けることができます。アンモニアがこの「シンドローム」によって引き起こされていないことが確実な場合は、フィルターの詰まり、フラックスの減少、および余分な破片をチェックする必要があります。
水温とpHレベル
アンモニアは、遊離または非イオン化アンモニア（NH 3）と、アンモニウム（NH 4）と呼ばれるイオン化アンモニアの2つの形態で存在します。アンモニウムは毒性が低いですが、それでも大きな問題です。アンモニアの毒性の割合は、pHレベルと水温によって異なります。値が大きいほど、毒性の高い非イオン化アンモニアの割合が高くなります。 FishChannel.comのWebサイトによると、pH 8のアンモニアはpH 7の10倍の毒性があります。20℃では、0℃の5倍の毒性があります。アンモニアは30％少なくなります。海洋水族館（塩水）では有毒ですが、それでも、許容レベルはゼロです。
亜硝酸レベル
アンモニウム（NH 4）は最も毒性の低いアンモニアですが、別の深刻な問題、亜硝酸塩を引き起こす可能性があります。アンモニウムが水と混合されると、有益な細菌は亜硝酸塩（NO 2）に変換される可能性があります。アンモニアと同様に、亜硝酸塩は魚に有毒で有害です。それは重度のストレス、呼吸の問題、そして免疫システムの弱体化を引き起こし、病気や死に対する感受性を高めます。アンモニウムは亜硝酸塩の生成を促進するが、それぞれについて独立した試験が行われるべきである。
不健康な魚
アンモニアは組織過敏症で、過形成などの魚に深刻な問題を引き起こします。赤い筋が鰓や体の他の場所に現れます。えらは赤や紫になり、組織は炎症を起こして出血し、繊細なフィラメントが肥厚し合体します。これは、酸素を吸収してアンモニアを排出する能力を低下させます。これは、全アンモニアの90％がえらによって排出されるため、深刻な問題です。 「アンモニアストレス」としても知られるアンモニア中毒のさらなる徴候としては、嗜眠、食欲不振、タンクの底に浮遊すること（特に表面にとどまる魚のために）、および炎症を起こした目または肛門が挙げられる。
